A sorozat főhőse Uzumaki Naruto, egy fiatal fiú, akinek testében a rettegett kilencfarkúrókadémon raboskodik. Tizenkét évvel a történet kezdete előtt a róka megtámadta Avarrejtek nindzsák lakta faluját és számos életet kioltott. A falu vezetője, a negyedik hokage saját életét feláldozva állította meg a bestiát, amit az újszülött Naruto testébe zárt. A fiút emiatt a falusiak kiközösítették, mintha csak ő maga lenne a rókadémon. A harmadik hokage, aki a negyedik hokage halála után a helyére lépett, megtiltotta, hogy bárki is beszéljen a róka támadásáról. Évekkel később, Narutót a renegát nindzsa, Mizuki átverte rávéve arra, hogy lopjon el egy tiltott tekercset. Ezek után Mizuki meg akarta ölni Narutot, hogy a tekercset elvéve saját céljaira használja azt. Naruto segítségére tanára Umino Iruka érkezett. Amikor Iruka súlyos sérüléseket szerzett, hogy megvédje Narutót, diákja a tekercsről ellesett Kage bunsin no jutsut alkalmazta, mellyel legyőzte Mizukit. A jutsu sikeres elsajátítására való tekintettel, Iruka átengedte a Nindzsa Akadémia záróvizsgáján Narutot. A kaland során Naruto két dologra ébredt rá: az egyik, hogy a rókadémon benne lakozik; a másik pedig, hogy a hokagén kívül más is törődött vele.
A történet Naruto és barátai fejlődését követi nyomon, ahogyan nindzsa tudásukat fejlesztik, egymással való kapcsolatuk alakulását és azt, hogy múltjuk hogyan befolyásolja sorsukat és személyiségük fejlődését. Naruto két fiatal nindzsában, Uchiha Sasukében és Haruno Sakurában talál barátra és társra, mikor a 7-es Csapat nevű háromfős nindzsa csapatba kerül Hatake Kakasi felügyelete alá. Ahogyan az összes falu nindzsa csapatai, a 7-es csapat is teljesít küldetéseket. Ezen kalandjaik során megismerik a környező falvakat és azok harcosait is. Egyre szorosabb szálak fűzik őket egymáshoz, képességekre és technikákra is szert tesznek és szembesülnek a kamaszkor nehézségeivel és kihívásaival is, miközben Naruto az álmát követve azért küzd, hogy egyszer Avarrejtek hokagéja váljék belőle. Több küldetés elvégzése után Hatake Kakasi engedélyezi a 7-es csapat tagjainak, hogy részt vegyenek a Nagy Chunin-választó Vizsgán, melyen nindzsa rangot léphetnek és így nehezebb küldetéseket vállalhatnak. A vizsga alatt Orochimaru, Avarrejtek egyik leghalálosabb ellenfele, megtámadja a falut és megöli a harmadik hokagét. A falu vezetőjének halála miatt Jiraiya, a három legendás Shanin egyike arra kényszerül, hogy felkutassa egykori csapattársát, Tsunadét, hogy az betölthesse a megüresedett pozíciót. Útja során felfedezi, hogy Orochimaru Uchiha Sasukéra is ki akarja vetni hálóját annak különleges genetikai öröksége miatt. Sasuke, aki úgy hiszi Orochimaru meg tudja számára adni azt az erőt, amire szüksége van hogy végezzen bátyjával, Uchiha Itachival, akit egyszemélyben tart felelősnek klánja lemészárlásáért, átpártol a falu esküdt ellenségéhez. Tsunade egy öt fős csapatot hoz létre Naruto részvételével hogy Sasukét visszahozzák Avarrejtekbe. Naruto meg is küzd Sasukével, de nem képes legyőzni őt. Azonban még ezután sem hajlandó lemondani barátjáról és két és fél éven át tartó edzésbe kezd Jiraiya keze alatt, hogy felkészüljön következő találkozásukra.
A két és fél éves edzés után Naruto hazaérkezik Avarrejtekbe. Ezzel közel egy időben feltűnik az Akatsuki nevű titokzatos bűnszervezet. Célja, hogy összegyűjtse mind a kilenc hatalmas erővel bíró farkas démont, köztük a Naruto testébe zárt kilencfarkú rókadémont is. Avarrejtek több nindzsája, köztük a 7-es Csapat is felveszi a harcot a szervezettel, és kísérletet tesznek Sasuke felkutatására is.
Habár sikerül megmenteniük az Egyfarkú démon Jinchuuriki-jét, Gaara-t, az Akacuki így is sikeresen elkap hét démont. Sazuke eközben elpártol Orochimarutól és szembeszáll Itachival. Bár összecsapásuk közben Itachi életét veszti, Sasuke bosszúja mégsem teljesül be, mivel az Akatsuki egyik tagjától, Sasuke megtudja, hogy bátyját Avarrejtek vezetése utasította a klán kiirtására. A felismerés fájdalmától és haragtól vezérelve Sasuke összefog az Akatsukival, hogy elpusztítsa Avarrejteket. Mindeközben az Akatsuki több tagja is elesik az Avarrejtek nindzsáival vívott harcok során. A szervezet vezetője, Pain megtámadja a falut azzal a céllal, hogy elrabolja Narutot. Terve viszont nem sikerül, a Narutoval szembeni csatában alulmarad. Közben Tsunade mialatt megvédi a falusiakat Paintől, felhasználja minden erejét, kómába esik, ezért leváltják a hokage pozíciójából. A káoszban Dandzo veszi át a hatalmat.